Com a decisão da CBF de retirar a vaga direta na terceira fase da Copa do Brasil para o campeão da Copa Verde, Atlético-GO e Cuiabá optaram por não disputar a competição em 2025.
Ambas as equipes, rebaixadas para a Série B do Campeonato Brasileiro, decidiram concentrar seus esforços no retorno à elite do futebol nacional em 2025. Com as desistências, Luverdense e São Raimundo-RR herdarão as vagas anteriormente ocupadas por Atlético-GO e Cuiabá.
As mudanças impactaram os confrontos das equipes do Acre na competição. O Independência enfrentará o Águia de Marabá, enquanto o Humaitá jogará contra o Gazin Porto Velho. Os vencedores dessas partidas enfrentarão o Paysandu na próxima fase.
Formato da Copa Verde
A Copa Verde é composta por cinco fases. A primeira etapa reúne 16 equipes, divididas em oito confrontos eliminatórios, disputados em partida única.
Na segunda fase, os times classificados enfrentam os oito clubes previamente ranqueados pela CBF, também em jogos únicos. Já as quartas de final, semifinais e finais serão decididas em partidas de ida e volta.